학문(學問)의 자유라 함은 학문적 활동에 관하여 공권력의 간섭이나 방해를 받지 아니하는 자유를 말한다. 인간은 자유로운 학문적 활동을 통해 지적으로 성숙할 수 있으며, 사회적 발전을 이룩할 수 있다. 그런데 학문연구는 그 성질상 기존의 진리나 가치에 대하여 의문을 가지거나 비판을 가함으로써 역사발전을 지향하기 때문에 지배체제로부터 박해를 받을 수 있다. 그러나 학문의 연구는 그 박해에도 불구하고 역사를 끊임없이 발전시켜온 동력이기 때문에 사회발전을 위해서는 학문연구활동을 국가권력이나 사회세력에 의한 간섭과 탄압으로부터 보호할 필요가 있는 것이다.
헌법 제22조 제1항은 “모든 국민은 학문의 자유를 가진다”라고 하여 학문의 자유를 보장하고 있다. 또한 학문의 자유는 곧 진리탐구의 자유를 의미한다는 점에서 제31조 제4항에서는 진리탐구의 전당인 대학에 대하여 “대학의 자율성”을 특별히 보장하고 있다.
학문의 자유는 진리를 탐구하는 자유(연구의 자유)를 의미하는데, 그것은 단순한 진리탐구에 그치지 않고 탐구한 결과에 대한 발표의 자유(연구결과 발표의 자유) 내지 가르치는 자유(교수의 자유)를 포함하는 것이다. 이를 나누어 설명하면 다음과 같다.
연구(硏究)의 자유는 곧 학문의 자유의 본체인 진리탐구의 자유를 의미한다. 학문의 연구는 기존의 사상 및 가치에 대하여 의문을 제기하고 비판을 가함으로써 이를 개선하거나 새로운 것을 창조하려는 노력이므로 연구의 결과가 사회에서 현재 받아들여지고 있는 기존의 사상 및 가치체계와 상반되거나 저촉된다고 하여도 용인되어야 할 필요가 있다.
연구결과 발표의 자유는 학문의 자유의 기본적 요소인 학문연구를 통하여 나타난 연구결과를 외부에 발표하는 자유이다. 연구결과 발표의 자유는 그 발표장소에 따라 보호의 정도가 달라질 수 있는데, 대학이나 학회에서의 발표는 일반공중을 상대로 하는 발표보다, 더욱 강한 보호를 받는다.
교수(敎授)의 자유는 대학이나 고등교육기관에 종사하는 교육자가 자유로이 교수하거나 강의하는 자유를 말한다. 따라서 교수는 강학내용이나 강학방법에 관한 한 누구의 지시나 감독에도 따르지 아니하고 독자적으로 결정하며, 강의실에서는 학문적 견해를 자유로이 표명할 수 있다.
학문의 자유와 관련하여 교수재임용제의 위헌성 여부가 문제된다. 교수재임용제는 대학교수가 그 직무의 특수성 때문에 강한 신분보장을 받고 있어 일단 임용되면 능력이나 자질에 하자가 발견되더라도 정년이 될 때까지 본인의 의사에 반하여 퇴직시킬 수 없기 때문에 일정한 기간을 정하여 재임용하여 그 기간 중 능력과 자질을 검증하는 제도이다. 그러나 교수재임용제는 악용될 경우 대학교수를 순치(馴致)시키고 대학재단이나 정부에 비협조적이고 비판적인 교수의 통제수단으로 전락할 위험을 내포하고 있다.
교수재임용제에 대해 헌법재판소는 초기에는 합헌성을 전면적으로 인정하였으나, 후일 견해를 변경하여 기간임용에 의한 교수재임용제 자체는 헌법적으로 문제가 없다고 하면서도, 재임용의 절차·과정 내에서 재임용대상자의 권리가 보장되지 않고 있고, 불복도 허용되기 어렵다는 점에서 위헌결정을 내렸다.